Probstheida entstand Ende des 12. Jahrhunderts als Straßenangerdorf. Die damals für die Siedlung gebräuchliche Bezeichnung „Heida“ weist darauf hin, dass es sich um eine Gründung durch flämische Kolonisten auf gerodetem Boden handelte.

1213 übergab Markgraf Dietrich von Meißen einen Teil des Gebiets sowie das 30 Hufen umfassende Dorf an das Augustiner-Chorherrenstift.

Ab 1438 ist die Bezeichnung „Probstheida“ belegt. Sie wurde auch nach der Säkularisierung und dem 1543 erfolgten Übergang in das Eigentum der Stadt Leipzig beibehalten.

Besondere Bedeutung erlangte das zur Festung ausgebaute Probstheida im Oktober 1813 als Schlüsselstellung der Franzosen während der Völkerschlacht. Das Dorf wurde mehrfach von preußisch-russischen Truppen unter großen Verlusten gestürmt, ohne dass eine Einnahme erfolgte.

Erst nach der Eroberung von Paunsdorf und Schönefeld durch die Verbündeten musste Probstheida aufgegeben werden. Bei ihrem Abzug steckten die französischen Soldaten das durch die Kämpfe bereits zerstörte Dorf in Brand. 1818 wurde die neu errichtete Immanuelkirche geweiht. Bis 1840 konnten 18 Gebäude des Dorfs wieder aufgebaut werden.

In den letzten Jahrzehnten des 19. Jahrhunderts veränderte sich Probstheida erheblich:

Im Juni 1886 wurde auf Probstheidaer Flur der Südfriedhof als einer der größten Friedhöfe Deutschlands eröffnet. 1897 erfolgte der Anschluss an die Gasversorgung Leipzigs, 1907 die Anbindung an das Leipziger Wassernetz. Im Jahr der Eingemeindung Probstheidas nach Leipzig, 1910, zählte der Ort 2090 Einwohner.

Nach 15-jähriger Bauzeit wurde 1913 anlässlich der 100-Jahr-Feier der Völkerschlacht das Völkerschlachtdenkmal eingeweiht. Nach Ende des Ersten Weltkrieges setzte in Probstheida eine rege Bautätigkeit ein. So entstand beispielsweise 1922 das Probstheidaer Stadion (seit 1949 Bruno Plache Stadion) in dem früher der VfB Leipzig spielte.

Ansonsten veränderte sich durch die Bauarbeiten der Charakter des Stadtteils aber nicht wesentlich.

Im Zweiten Weltkrieg blieb Probstheida von Bombenangriffen weitgehend verschont. Nur wenige Gebäude wurden zerstört. 1966–1968 wurde in der heutigen Lene-Voigt-Straße 2–8 ein zehngeschossiges Mittelgangwohnhaus errichtet, das mit 330 Metern Länge noch heute als das längste durchgehbare Wohngebäude Deutschlands gilt.

1970 wohnte darin ein Drittel der Bevölkerung des Stadtteils.

Ab 1992 entstand in Probstheida mit dem Herzzentrum, dem Suchtbehandlungszentrum Leipzig sowie dem Medizinisch-Wissenschaftlichen Zentrum – Psychiatrische Klinik ein aus mehreren Großgebäuden bestehender Krankenhauskomplex, dem heutigem Park-Krankenhaus Leipzig.

Die Physiotherapie befindet sich in unmittelbarer Nähe des Park-Krankenhauses im Herzen Probstheidas.

Einigen unter Ihnen ist der "Blaue Affe" noch ein Begriff - das Haus in dem unsere Physiotherapie Ihre Heimat gefunden hat.